诺克斯帮助撰写了新的信仰告白,并为新成立的改革派教会--柯克教会制定了教会秩序。他在1559年至1566年间撰写了五卷本的《苏格兰宗教改革史》。在玛丽统治时期,他继续担任新教徒的宗教领袖。